かずさゲノムテクノロジーズ株式会社

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DIAプロテオーム解析受託サービス

DIAプロテオーム解析受託サービス

従来のプロテオーム解析はトランクリプトーム解析などと比較すると分析深度が低く、約3000種類のタンパク質を同定・比較定量できる程度にとどまっていました。これでは様々な分野で着目されることの多いキナーゼや転写因子などの微量タンパク質を観測するには不十分であり、さらなる分析深度の拡大が期待され続けてきました。本サービスの解析を担うかずさDNA研究所では次世代プロテオミクスと称されている分析深度、定量性に優れたDIAプロテオミクス技術を取り入れ、さらに最新鋭の質量分析計で測定することにより、最大8000種類のタンパク質を同定・比較定量(HEK293細胞を用いた系で行った場合。観測できるタンパク数はサンプルの種類に依存)を行えるシステムを構築しました。当受託ではこの最新鋭のシステムを用いた高度なプロテオーム解析を提供いたします。
  • 使用機器
    Q-Exactive HF-X [Thermo Fisher Scientific社]
  • 本サービスはタンパク質配列が解析されている生物種を対象としたものです。

DIA解析の優れた点

分析深度

MS1 で検出されたペプチドピークを選択してMS2解析を行うのではなく、MS1 の全m/z レンジを細かく区切りながら連続的にMS2 を取得します。これによって、ピーク強度の低いペプチドを含めてMS1 で観測されたすべてのペプチドピークに対してMS2 を取得できるため、微量タンパク質・ペプチドの検出が可能で分析深度の高い測定が可能です。

定量性

定量解析では実際にペプチドの同定に使われたMS2 ピークを用いて定量値を算出するため、DDAプロテオーム解析のように分子量が類似するペプチドが同じ溶出時間に検出されても区別することが可能であり、ピークの取り間違えが起きづらく、正確な定量値を導き出すことができます。

発現タンパク質の同定と相対定量解析
   
●作業内容 タンパク質抽出+トリプシン消化+質量分析(同定ならびに相対定量解析)
*サンプルが凍結培養細胞、凍結動物組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期
簡易DIAプロテオーム解析
LC-MS/MS(DIA)
2000~4000
タンパク質
タンパク質:40ug以上
目安: 細胞 5×105 以上,
組織 10mg以上,
血清/血漿 1uL以上,
尿 200uL以上
*脂肪細胞や脳組織など
脂質を多く含むサンプルは20 mg以上
4週間
標準DIAプロテオーム解析
LC-MS/MS(DIA)
4000~6000
タンパク質
高深度DIAプロテオーム解析
GPF+LC-MS/MS(ライブラリ作製用)
LC-MS/MS(DIA)
6000~8000
タンパク質
リン酸化タンパク質の同定と相対定量解析
●作業内容 タンパク質抽出 +トリプシン消化+リン酸化ペプチド濃縮+質量分析
*サンプルが凍結培養細胞、凍結動物組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期
標準DIAリン酸化プロテオーム解析
LC-MS/MS (DDA、ライブラリ作製用)
LC-MS/MS (DIA、相対定量解析用)
4000~8000
リン酸化ペプチド断片
タンパク質:1 mg以上
目安: 細胞 1×107 以上,
組織 50mg以上
4週間
高深度DIAリン酸化プロテオーム解析
GPF+LC-MS/MS(DDA、ライブラリ作製用)
LC-MS/MS(DIA、相対定量解析用)
8000~15000
リン酸化ペプチド断片
ゲルバンド中のタンパク質同定
●作業内容 ゲル内消化(トリプシン消化)+ 質量分析
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期
ゲルバンド中のタンパク質同定
LC-MS/MS(DDA)
タンパク質バンドが検出できていれば可能 4週間
●作業内容 サンプルの溶液の種類、液量、濃度により、有機溶媒沈殿法、TCA沈殿法、順相系ビーズを使用
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期
クリーナップ処理(タンパク抽出物、体液、培養上清などの液体状のサンプルの場合は必須) 納期に
影響せず
●作業内容 カラムによる除去+クリーナップ処理
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期
ヒト血清/血漿高存在量タンパク質14種類除去
& クリーナップ処理
血清/血漿 10µL以上 納期に
影響せず
マウス・ラット血清/血漿アルブミン・IgG除去
& クリーナップ処理去
血清/血漿 10µL以上 納期に
影響せず
●作業内容 ホルマリンによる分子架橋を解き、タンパク質抽出
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期
ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織からのタンパク質抽出 厚さ:10~20 μm、 表面: 50 mm2 以上
(ホルマリン固定時間が48時間以下のサンプルのみお引き受け可能)
納期に
影響せず
●作業内容 質量分析
●データ納品後、2週間以内にお申込み、4週間以内に発注を行ってください。
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期
解析アップグレード
データ納品後、同じサンプルを使用して高深度解析を実施
簡易→標準DIA 2000~4000 → 4000~6000
(タンパク質)
追加の
サンプルは
不要です。
4週間
標準DIA→高深度DIA 4000~6000 → 6000~8000
(タンパク質)
標準DIAリン酸化→高深度DIAリン酸化 4000~8000 → 8000~15000
(リン酸化ペプチド断片)
●作業内容 質量分析
●1測定追加するごとに料金を加算(検体数に応じた割引はありません)
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期
同一サンプル繰り返し測定 簡易DIAプロテオーム解析 一度測定したサンプルを
再度測定するサービスです。
追加のサンプルは不要です。
納期に
影響せず
高深度DIAプロテオーム解析
高深度DIAプロテオーム解析
標準DIAリン酸化プロテオーム解析
高深度DIAリン酸化プロテオーム解析
このサービスは、プロメガ株式会社コスモ・バイオ 株式会社を通じてご提供しております。